Schnellbahn vom Prager Flughafen soll zum Hauptbahnhof führen

Um den Reisekomfort der Fahrgäste zu steigern und alle Umsteigemöglichkeiten zu gewähren muss sich, laut dem tschechischen Verkehrsminister Martin Kupka (ODS - Bürgerdemokratische Partei), die bereits teilweise ausgebaute Strecke der geplanten Schnellbahn zum Prager Flughafen geändert werden. Der aktuelle Plan sieht vor, dass sich der neue Terminal am Masaryk-Bahnhof (Prag-Mitte) befindet. Kupka ist jedoch der Ansicht, dass der Hauptbahnhof mehr Umsteigemöglichkeiten und Anbindungen bietet als der zentrale gelegene Kopfbahnhof Prag-Mitte, der eher als ein Regional- und S-Bahnhof dient. Die Änderung des Bauplanes hätte jedoch radikale Planänderungen zur Folge. Die Gleise müssten unterirdisch geführt werden und am Hauptbahnhof müsste ein unterirdisches Terminal unter der U-Bahnebene errichtet werden. Diese Maßnahme würden die Baukosten wesentlich erhöhen und die gesamte Errichtung der bereits über 20 Jahre geplanten Zugverbindung würde sich um zwei weitere Jahre verzögern. Ursprünglich wurde mit der Eröffnung der Expressbahn 2028 gerechnet. Über die Pläne des Ministeriums wird aktuell mit der staatlichen Verwaltung des Eisenbahnnetzes intensiv verhandelt.​